1、北京市委、市政府决定尚永丰同志任首都医科大学校长
2016年10月10日，我校举行干部宣布会议，宣布中国科学院院士、生物化学与分子生物学家尚永丰同志任首都医科大学党委副书记、校长。北京市委组织部副部长张彤军指出，尚永丰同志政治素质好、学术造诣高，工作视野开阔、办学思路清晰，事业心和责任感强，群众基础好。希望全校师生员工在学校党委的领导下，团结协作、锐意进取，推动首医发展再上新台阶。
2、学校发展战略规划出台，确定发展目标及办学定位
2016年12月29日，学校党委常委会讨论通过《首都医科大学发展战略规划》，确定把学校建设成为“高水平研究型医科大学”的奋斗目标。在此前的校中层干部会议上，校长尚永丰院士对学校办学定位和奋斗目标、主攻方向、中长期规划以及校行政班子治校理政的理念和思路作了阐述，指出学校的发展目标为建设高水平研究型医科大学，要以“全面提升学校核心竞争力，着力打造积极进取的校园文化”为主攻方向，推动各项事业科学健康发展。在新一届校学术委员会会议上，尚永丰校长表示，建立健全以学术委员会为核心的学术管理体系与组织架构，是推进和完善现代大学制度建设的重要举措。“学术是大学之本，人才是大学之命”，学校要紧紧围绕“学术”和“人才”这两大主题，充分发挥学术委员会在学科建设、学术评价、学术发展和学风建设等方面的重要作用，加大力度引进优秀人才、想尽一切办法用好现有人才、创新机制培养未来人才。
3、我校人才队伍建设喜获佳绩
附属北京口腔医院范志朋教授获2016年度国家杰出青年科学基金项目资助，目前口腔医院共有2位杰青，占我国口腔医学领域杰青人数的四分之一。北京脑重大疾病研究院脑卒中研究所副所长、宣武医院副院长吉训明教授入选国家“万人计划”科技创新领军人才。宣武医院陈志国教授与附属北京天坛医院王伊龙教授入选2015年科技部中青年科技创新领军人才。我校中医药学院高伟教授入选长江学者奖励计划。附属北京安贞医院杜杰教授被美国心脏协会（AHA）动脉硬化、血栓形成和血管生物学(ATVB)专委会授予血管生物学“特殊成就奖”，成为获此奖项的首位华人科学家。
4、我校科研竞争力稳步提升
据2015年中国科技论文统计结果显示，当年科学引文索引扩展版(SCIE)收录我校论文1764篇，在全国高等院校中名列第25位，居全国医药类高校首位。2006—2015年科学引文索引收录的我校10190篇论文共被引用54821次，在全国高校中列第50名。表现不俗论文635篇，在全国高校中排名第32位。SCI学科影响因子前1/10的期刊论文171篇，在全国高校中排名第21位。据2015年中国医药院校医学教育论文发表数量统计结果显示，我校以482篇位列当年本科西医院校医学教育论文发表数量首位。2016年以我校为依托单位申报国家自然科学基金项目1164项，获批各类项目255项，获批直接经费11976.26万元。在“十三五”国家重点研发计划2016年度第一批批准立项项目中，我校获批牵头项目15项、获批国拨经费1.7亿元，获批项目总数在全国高校中位列第九，也是获批项目前十位高校中唯一一所地方院校。2016年，由首都医科大学、北京脑重大疾病研究院和高等教育出版社共同主办的Journal of Translational Neuroscience（《转化神经科学杂志》）正式上线发行。
5、我校科研成果斩获多项奖励
我校王拥军教授团队的“高危非致残性脑血管病及其防控关键技术与应用”项目获得2016年国家科技进步奖二等奖，该团队的“脑血管病CHANCE研究”最新进展“Reduced Clopidogrel Efficacy in Carriers of CYP2C19 Loss-of-Function Alleles with Acute Minor Stroke and Transient Ischemic Attack”于2016年6月发表在著名医学期刊《JAMA》杂志上。我校张罗教授团队的“过敏性鼻炎治疗技术的创新与应用”与张永宏教授团队的“中国HIV感染者免疫特征研究”均获北京市科技一等奖。此外，我校有2个项目获北京市科技二等奖，4个项目获北京市科技三等奖；2个项目获中华医学科技奖二等奖，4个项目获中华医学科技奖三等奖。
6、我校等四所医学院校签署高等医学教育协同发展战略合作框架协议
2016年4月6日，首都医科大学、北京协和医学院、天津医科大学、河北医科大学四所高校在京签署高等医学教育协同发展战略合作框架协议。该协议旨在落实京津冀协同发展国家重大战略，推进京津冀区域高等医学教育协同发展。
7、我校4个教育部重点实验室顺利通过评估
在2016年度教育部重点实验室评估中，我校共有4个教育部重点实验室顺利通过评估。其中，神经变性病和心血管重塑相关疾病两个重点实验室被评为优秀，儿科重大疾病研究和耳鼻咽喉头颈科学两个重点实验室被评为良好。
8、我校附属医院整体实力进一步提高，社会影响进一步扩大
我校宣武医院老年医学获批第三批国家临床医学研究中心，这是学校第6个国家级临床医学研究中心，中心数量位居全国高校之首。2016年11月，中国国际神经科学研究所在宣武医院正式落成。附属北京儿童医院获批2016年度示范型国家国际科技合作基地。在中国医学科学院医学信息研究所发布的中国医院科技影响力专科排行榜中，附属北京儿童医院在儿科学、宣武医院在神经病学、附属北京天坛医院在神经外科学、附属北京同仁医院在耳鼻咽喉科学、附属北京胸科医院在结核病学中分别位居榜首。在复旦大学医院管理研究所发布的中国医院最佳专科声誉排行榜中，附属北京天坛医院在神经外科、附属北京儿童医院在小儿外科中分别排名第一。
9、临床医学专业学位培养改革深入推进，获批“5+3+X”医学博士培养改革试点
我校继2015年首批与住院医师规范化培训衔接培养的临床医学专业学位硕士研究生顺利毕业后，2016年临床医学专业学位硕士研究生执业医师资格考试通过率达到98%，住院医师规范化培训结业考核通过率达到95%。在临床医学专业学位硕士培养模式成功改革的基础上，我校获批教育部临床医学博士专业学位培养改革试点。
10、我校教育教学工作取得新进展
2016年我校新获批27项中华医学会医学教育改革课题，顺利结题6项北京市教委课题。七年制转为“5+3”培养模式的改革已有第一批毕业生，均取得“四证”，在全国所有举办七年制的医学院校中起步最早、进程最快、实施最平稳，获得教育部好评。外科学、神经病学、眼科学、耳鼻咽喉科学及全科医学概论被认定为教育部第一批国家级精品资源共享课。中医药学实验教学中心获批北京高等学校实验教学示范中心。医学化学与药学校内创新实践基地获批北京高等学校市级示范性校内创新实践基地。